随着人们生活水平的提高，食用菌作为一种美味而且营养的健康食品，在消费者的餐桌占有很大的比重，然而，食用菌生产大多以单门独户，小规模生产为主，少数以企业/合作社+种植户的规模化种植，食用菌的生产安全受到广大消费者关注。
食用菌的质量安全问题，主要来源于两个方面，生产环境中的重金属污染和生产过程中的农残超标。
一、生产环境
重金属超标主要来源于污染农田种植，以及堆料及食用菌大棚设施中的重金属污染，这块需要农业从业者，严格把控堆料的制作，定期对生产地的土壤以及水源进行检测。
二、农残超标
农残超标主要来自病虫害控制不力导致不合理的化学防治，
1、不熟悉农药性质，使用了国家不允许使用的杀菌剂和杀虫剂
2、在防治过程中未按照合理浓度使用，造成了农残超标。
3、食用菌栽培周期短，在产菇期间使用农药，造成药物残留。
4、无论是拌料或者堆料期间还是生产设施防治的过程中，使用了剧毒高残留农药。
三、菌种管理
每年因为菌种退化，菌种污染造成数百万菌袋损失，如福建古田的银耳，香菇，由于菌种退化造成大面积减产，山东的双孢菌菇菌种问题导致的大面积减产，这些问题促使食用菌生产者对菌种的采购严格把控质量。
四、加工过程
对采摘的鲜菌菇进行二次加工处理，不法商贩采用污染水源进行清洗浸泡，违规使用荧光增白剂，使用漂白剂漂白增色处理等等。
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通过对比全面质量管理系统的公共库数据，系统可自动监控食用菌生产过程中的投入品使用，防止禁用农药，高度农药，超标农药的使用。
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